1) Un Château en Allemagne. Sigmaringen, 1944-1945, Paris, Ramsay, 1980, 442 p. (rééd : Paris, Fayard/Pluriel, 2012, avec une préface inédite)

2) Le Syndrome de Vichy 1944-198…, Paris, Seuil, 1987, 383 p., (coll. « XX^e siècle »)

— 2^e éd. revue et mise à jour : Le Syndrome de Vichy de 1944 à nos jours, Paris, Seuil, 1990, 420 p. (coll. « Points-Histoire »)

— trad. anglaise : The Vichy Syndrome. History and Memory in France since 1944, trad. Arthur Goldhammer, préface de Stanley Hoffmann, Cambridge, Harvard University Press, 1991 et 1994, 392 p.

— trad. coréenne, avec une préface inédite, Séoul, Humanist Publishing, 2006 et 2010

3) La Collaboration. Les noms, les thèmes, les lieux, Paris, MA, 1987, 203 p.

4) Les Années noires. Vivre sous l’Occupation, Paris, Gallimard, 1992, 194 p. (coll. « Découvertes »)

5) Vichy, un passé qui ne passe pas, avec Éric Conan, Paris, Fayard, 1994, 327 p. (coll. « Pour une histoire du XX^e siècle »)

— nlle édition augmentée : Paris, Gallimard, 1996, 513 p. (coll. « Folio/Histoire »)

— trad. et nlle éd. refondue : Vichy, An Ever-Present Past, traduction Nathan Bracher, préface de Robert Paxton, Hanover/London, University Press of New England, 1998, 291 p.

— nlle. édition revue et augmentée : Paris, Hachette/Pluriel, 2013, 500 p.

6) La Hantise du passé. Entretien avec Philippe Petit, Paris, Textuel, 1998, 143 p. (coll. « Conversations pour demain »)

— trad. : The Haunting Past. History, Memory, and Justice in Contemporary France, trad. Ralph Schoolcraft, préface d’Ora Avni, Philadelphie, Penn Press, 2002.

7) Vichy. L’Événement, la mémoire, l’histoire, Paris, Gallimard, 2001, 750 p., (coll. « Folio/histoire »).

8) Le dossier Lyon III. Le rapport sur le racisme et le négationnisme à l’université Jean-Moulin, Paris, Fayard, 2004, 314 p.

9) Le régime de Vichy, Paris, PUF, 2007 et 2012, 128 p. (coll. « Que sais-je ? »)

— trad. allemande : Vichy. Frankreich unter deutscher Besatzung 1940-1944. Munich, C.H.Beck, 2009, 147 p.

— trad. italienne, La Francia di Vichy, Universale Paperbacks, Bollati Borighieri, 2010, 126 p.

10) Frankreich und die »dunklen Jahre«, Beiträge zur Geschichte des 20. Jahrhunderts, Band 12,Wallstein Verlag, Göttingen, 2010, 202 p.

11) La dernière catastrophe. L’histoire, le présent, le contemporain, Paris, Gallimard, 2012, 338 p. (coll. « NRF/Essais)

— trad. anglaise : The Latest Catastrophe. History, the Present, the Contemporary, The Chicago University Press, 2016

— trad. portugaise (Brésil), O último desastre. Hora, data,contemporâneo Fundação Getúlio Vargas, 2016.

12) La Seconde Guerre Mondiale expliquée à ma fille, Paris, Seuil, 2013, 132 p.

13) Face au passé. Essais sur la mémoire contemporaine, Paris, Belin, 2016, 330 p.

DIRECTION D’OUVRAGES

14) De Monnet à Massé. Enjeux politiques et objectifs économiques dans le cadre des quatre premiers Plans (1946-1965), Paris, Éd. du CNRS, 1986, 245 p. [prix Osiris de l’Académie des Sciences morales et politiques].

15) La Planification en crises (1965-1985), postface de Pierre Bauchet, Paris, Éd. du CNRS, 1987, 234 p.

16) Histoire politique et sciences sociales, avec Denis Peschanski et Michael Pollak, Les Cahiers de l’IHTP, n° 18, juin 1991, 192 p. (rééd. : Bruxelles, Complexe, 1991, 290 p.)

17) Le Régime de Vichy et les Français, Actes du colloque international, CNRS, 11-13 juin 1990, François Bédarida et Jean-Pierre Azéma (dir.), avec la coll. de Denis Peschanski et Henry Rousso, Paris, Fayard/IHTP, 1992, 788 p.

18) La Vie des entreprises françaises sous l’Occupation. Une enquête à l’échelle locale, avec Robert Frank et Alain Beltran, Paris, Belin, 1994, 680 p.

19) La Seconde Guerre mondiale. Guide des sources conservées en France, 1939-1945, avec Brigitte Blanc et Chantal de Tourtier-Bonazzi, Paris, Archives nationales, 1994, 1217 p.

20) Stalinisme et nazisme. Histoire et mémoire comparées, Bruxelles/Paris, Complexe/IHTP, 1999, 420 p. (coll. « Histoire du temps présent »)

— trad. Italienne : Stalinismo e nazismo. Storia e memoria comparata, trad. Silvia Vacca, Milan, Bollati Boringhieri, 2001.

— trad. anglaise : Stalinism and Nazism, trad. de Lucy B. Golsan, Thomas C. Hilde & Peter S. Rogers, préface de Richard J. Golsan, Nebraska University Press, 2004.

21) La Violence de guerre, 1914-1945. Approches comparées des deux conflits mondiaux, en coll. avec Stéphane Audoin-Rouzeau, Annette Becker, Christian Ingrao, Bruxelles/Paris, Complexe/IHTP, 2002.

22) Le regard de l’histoire. L’émergence et l’évolution de la notion de patrimoine au cours du XXe siècle en France, Actes des Entretiens du Patrimoine 2001, Paris, Fayard/Monum. Éditions du Patrimoine, 2003, 396 p.

23) La fabrique interdisciplinaire. Histoire et science politique, avec Michel Offerlé, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2008, 284 p.

24) Juger Eichmann, Jérusalem, 1961, Paris, Mémorial de la Shoah, 2011, 160 p.

25) Histoire de France, Éditions Belin (2010-2012), 17 volumes, avec Joël Cornette et Jean-Louis Biget ; <http://www.editions-belin.com/ewb_pages/h/histoire-de-france-brochee.php>

26) Après la Shoah. Rescapés, réfugiés, survivants, 1944-1947, avec Laure Fourtage, Julia Maspéro, Constance Pâris de Bollardière, Simon Perego, Paris, Mémorial de la Shoah, 2016, 176 p.